A dinâmica de funcionamento do observatório se baseia em três pontos principais:
1. Organização e publicização dialogada da informação
Esse primeiro pilar se coloca como um trabalho fundamental do Observatório, na sistematização e articulação de informações. Com a revolução das tecnologias de informação, há um grande número de informações, com origem em pesquisas públicas e privadas, como os bancos de dados formados a partir de registros administrativos, cadastros de políticas e pesquisas domiciliares que são objeto de análise do Observatório. Essas informações estão disponíveis de maneira dispersa, não articulada entre si, resultando, contraditoriamente, em uma redução do seu poder explicativo sobre muitos fenômenos que se pretende estudar. A organização dessas informações, entretanto, não deve ser de forma aleatória. A metodologia aplicada pelo Observatório da Agricultura Familiar está referendada no diálogo constante com os atores envolvidos como método de identificação de problemas relacionados a segmentos da sociedade e que devem ser evidenciados e entendidos para que se possa agir sobre eles. A informação é organizada e disponibilizada de modo a contribuir com os atores para a compreensão dos problemas e da elaboração de proposições para o seu enfrentamento.
2. Produção de conhecimento orientado para a ação
No Observatório da Agricultura Familiar a informação precisa gerar um conhecimento da realidade. É necessário, portanto, que a informação, além de interpretada, seja relacionada a diferentes dimensões e olhares. Acredita-se, portanto, que a maior capacidade de um determinado grupo em relacionar informações de diferentes fontes elevará sua capacidade de reconhecimento da realidade para instruir a ação. O diálogo entre os diferentes atores implicados numa determinada realidade é fundamental na construção do conhecimento. A análise de conhecimentos sistematizados também contribui na elevação da capacidade dos atores de compreenderem determinados fenômenos e preparar a ação transformadora. Desse modo, informação, pesquisa, análise e diálogo social se articulam na produção do conhecimento.
3. Fortalecimento da participação e o controle social no ciclo das políticas públicas
O fortalecimento da participação e o controle social no ciclo das políticas públicas são entendidos como estratégia importante para a negociação de propostas e soluções em torno de problemas e desafios diagnosticados. Esta negociação deve ser colocada em um espaço em que as diferentes demandas e necessidades dos atores sociais acerca de determinados temas possam ser evidenciadas não com o interesse de anulá-las, mas para se constituir possibilidade de construção de convergências em torno de soluções. Os Conselhos ou comissões de discussão da política pública são entendidos como espaço privilegiado, porém não exclusivo. Outros fóruns vinculados à implantação de determinadas ações e políticas também podem ser frutíferos nessa direção, tais como redes, grupos de trabalho, etc.